增加独立研究类型及可撤回的自定义标注 #28

2026-11-08T10:39:45Z

codex-bot commented

2026-11-08 10:39:45 +00:00

现有来源标签有出处，但没有人工标签操作入口或独立研究类型查询；直接修改标签也无法保留更正历史。本PR增加带证据的assert/retract事件，使研究类型独立于主题、长度、轨道和录用状态。

新增paper_atlas/curation/__init__.py、annotations.py：显式初始化、追加、定向撤回、只读清单；request_id精确重试防重复，变更内容拒绝复用。人工CLI仅custom:*；平台API必须有属于该论文/平台的来源记录。每次判断保存actor、理由、证据key/URL与观察时间，不推断来源类型或会议决定。
新增paper_atlas/db/annotations.sql：可选annotation_events表，kind区分tag/research_type；撤回引用原断言，保留完整历史和原始paperID。安装使用当前dataset单写入锁、事务和升级marker，普通查询不自动改表。
paper_atlas/db/store.py：后续经核验论文合并时仅更新规范实体引用，保留annotationID、original_paper_id及撤回关系；来源标签刷新不触碰标注。
paper_atlas/postgres/schema.py、migration.py：明确识别已安装的可选扩展，完整迁移、哈希核验、约束和序列；原21表快照保持21表，不创建假标注。
paper_atlas/cli.py、querying.py：annotate入口及独立--research-type，--tag兼容旧标签与活动人工标签；论文详情分列研究类型、人工标签，可查看完整撤回证据。
tests/test_annotations.py：SQLite隔离/幂等/撤回/来源/合并/事务/查询和真实PG安装回滚、NUL/SOH、22表迁移及identity验证。
pyproject.toml、.gitea/workflows/check.yml：打包SQL资源，并在指定远程runner安装wheel后执行annotate初始化/清单检查。
docs/annotations.md、README.md：长期用法、证据与重试规则、撤回、namespace隔离、SQL分析和迁移边界。

从已确认main1b81d1a创建独立codex/paper-annotations，不夹带其他未合并分支。阶段提交27e336e、a13c535、adcbbb6均已推送；最新head adcbbb66a224320f236fb28ad88405b44ddeb5b2。

验证：精确head的CI1041/job1138已在已授权ces-control:host对应aliyun-ces-control通过224项测试、wheel构建、安装和安装后annotate初始化/清单检查。14个新增测试全部实际执行，包括3个真实PostgreSQL测试，未跳过；日志SHA256 15d68f7cc3c9612cfb88bc4fad859ff6f48fd3dd6e4079f8d5ae4f7289288466。本机只做AST和差异检查，未运行测试或构建。首次CI1039/1040因测试夹具的SQLite WAL未冻结被既有保护拒绝，adcbbb6修正夹具冻结；生产保护未削弱。

生产research尚未执行此扩展DDL或新标签写入；不声称已有论文类型已分类或最终去重完成。生产启用前需使用同时包含稳定身份保护和标注证据合并支持的已验证运行时，不能把当前71d运行时直接替换成本独立分支，也不能用不支持annotation_events的旧合并器处理已有标注。扩展安装和真实标签/类型采集验收属于后续工作，既有21表、已验收来源与历史不重放。

base main；head codex/paper-annotations。PR可评审，等待用户手动合并，未自动合并或推送main。

现有来源标签有出处，但没有人工标签操作入口或独立研究类型查询；直接修改标签也无法保留更正历史。本PR增加带证据的assert/retract事件，使研究类型独立于主题、长度、轨道和录用状态。 - 新增paper_atlas/curation/__init__.py、annotations.py：显式初始化、追加、定向撤回、只读清单；request_id精确重试防重复，变更内容拒绝复用。人工CLI仅custom:*；平台API必须有属于该论文/平台的来源记录。每次判断保存actor、理由、证据key/URL与观察时间，不推断来源类型或会议决定。 - 新增paper_atlas/db/annotations.sql：可选annotation_events表，kind区分tag/research_type；撤回引用原断言，保留完整历史和原始paperID。安装使用当前dataset单写入锁、事务和升级marker，普通查询不自动改表。 - paper_atlas/db/store.py：后续经核验论文合并时仅更新规范实体引用，保留annotationID、original_paper_id及撤回关系；来源标签刷新不触碰标注。 - paper_atlas/postgres/schema.py、migration.py：明确识别已安装的可选扩展，完整迁移、哈希核验、约束和序列；原21表快照保持21表，不创建假标注。 - paper_atlas/cli.py、querying.py：annotate入口及独立--research-type，--tag兼容旧标签与活动人工标签；论文详情分列研究类型、人工标签，可查看完整撤回证据。 - tests/test_annotations.py：SQLite隔离/幂等/撤回/来源/合并/事务/查询和真实PG安装回滚、NUL/SOH、22表迁移及identity验证。 - pyproject.toml、.gitea/workflows/check.yml：打包SQL资源，并在指定远程runner安装wheel后执行annotate初始化/清单检查。 - docs/annotations.md、README.md：长期用法、证据与重试规则、撤回、namespace隔离、SQL分析和迁移边界。从已确认main1b81d1a创建独立codex/paper-annotations，不夹带其他未合并分支。阶段提交27e336e、a13c535、adcbbb6均已推送；最新head adcbbb66a224320f236fb28ad88405b44ddeb5b2。验证：精确head的CI1041/job1138已在已授权ces-control:host对应aliyun-ces-control通过224项测试、wheel构建、安装和安装后annotate初始化/清单检查。14个新增测试全部实际执行，包括3个真实PostgreSQL测试，未跳过；日志SHA256 15d68f7cc3c9612cfb88bc4fad859ff6f48fd3dd6e4079f8d5ae4f7289288466。本机只做AST和差异检查，未运行测试或构建。首次CI1039/1040因测试夹具的SQLite WAL未冻结被既有保护拒绝，adcbbb6修正夹具冻结；生产保护未削弱。生产research尚未执行此扩展DDL或新标签写入；不声称已有论文类型已分类或最终去重完成。生产启用前需使用同时包含稳定身份保护和标注证据合并支持的已验证运行时，不能把当前71d运行时直接替换成本独立分支，也不能用不支持annotation_events的旧合并器处理已有标注。扩展安装和真实标签/类型采集验收属于后续工作，既有21表、已验收来源与历史不重放。 base main；head codex/paper-annotations。PR可评审，等待用户手动合并，未自动合并或推送main。

codex-bot added 1 commit 2026-11-08 10:39:45 +00:00

Add evidence-bearing research types and retractable custom annotations

Metadata integrity checks / metadata (push) Failing after 1m2s

Details

27e336eee9

codex-bot added 1 commit 2026-11-08 10:41:05 +00:00

Require completed annotation upgrade before accepting evidence

Metadata integrity checks / metadata (push) Failing after 1m5s

Details

a13c535919

codex-bot added 1 commit 2026-11-08 10:41:49 +00:00

Freeze SQLite annotation fixtures before PostgreSQL migration

Metadata integrity checks / metadata (push) Successful in 1m19s

Details

adcbbb66a2

codex-bot marked the pull request as ready for review 2026-11-08 10:46:23 +00:00

Metadata integrity checks / metadata (push) Successful in 1m19s

Details

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Reference: Zayden-Jung/paper-atlas#28